工程结算的程序如下：
1、工程结算的前提是工程竣工验收合格。每项合同所对应的工程施工完成后，包括总包、所有分包、材料设备等，都要进行四方验收。
2、四方验收时除签发合格证书外，还应制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经乙方、监理、甲方工程人员、预算人员签认。
3、当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，人民法院应予支持，但是约定的利息计算标准高于垫资时的同类贷款利率或者同期贷款市场报价利率的部分除外。当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，人民法院不予支持。